服用连翘败毒丸本身没有明显的副作用。但是，因为连翘败毒丸主要的功效为清热解毒，说明药物本身性质偏凉，部分患者服用以后可能会出现胃肠道刺激症状，引起腹痛、腹部不适感等表现，尤其是本身脾胃虚寒的患者，大量或者长期服药后引起胃肠道增刺激症状的可能性更大。