导致指甲扁平凹陷变瘪的原因：1、真菌感染引起的甲癣，也就是灰指甲。这种情况有可能是指甲曾经有过外伤，或者本身有真菌性手癣脚癣导致的。2、缺乏微量元素，缺铁性贫血，缺锌和蛋白质导致的。建议去医院化验一下血常规，做一个微量元素检查，确诊后要积极补铁补血治疗，并且要多吃鸡蛋，瘦肉，牛奶营养食物，多吃一些动物肝脏和鱼类。