手指甲根部月牙部凹陷有可能是营养不良或者是缺钙的原因导致的，平时可以服用钙片来进行改善，如果身体缺乏蛋白质或者是营养不良，也有可能会导致指甲根部月牙部出现凹陷的症状。必要时可以到医院做一个微量元素的检查，明确诊断之后，根据检查的结果进一步的治疗。