一般以外治方法治疗肛门疣。对于初发较小的疣可用强腐蚀剂，外涂除去。对于较大的，发展快的肛门疣应行手术治疗，并最好作病理检查以防癌变。激光治疗是目前治疗肛门疣最为理想的一种疗法。具有时间短，出血很少，不产生瘢痕，保证了局部器官组织的正常生理功能及复发率低的优点。