两者虽然都是属于抗生素类的药物，但是还是有一定的区别。红霉素软膏是属于大环内酯类抗生素，主要是对葡萄球菌、各种链球菌等菌属比较敏感。金霉素软膏是属于四环素类的广谱抗生素，对于金葡萄菌、化脓性链球菌、肺炎球菌有较好的抑制作用。两种药物都能够起到很好的消炎抑菌作用，但是针对的菌属是不同的。