由于临床上最常见的尖锐湿疣患者，是由于直接性行为而导致，所以尖锐湿疣最常见的发生部位就是在生殖器部位，像是男性的阴茎、龟头、肛周、系带、包皮都是容易常见的部位，而女性来说，在阴道、阴唇、尿道口、会阴部、宫颈部也都可以出现。但是尖锐湿疣也可以出现在其他部位，像是口腔、乳房、喉部、腋窝也可以出现。