非淋菌性尿道炎的病原菌包含支原体、衣原体，以及部分患者合并有真菌感染，所以对于非淋菌性尿道炎用药要根据病原菌不同，选用不同的抗菌药，如果尿道里有支原体和衣原体，但并没有引起感染，且患者无任何症状，是不需要治疗的；如果支原体和衣原体引起了感染，一般采用大环内酯类抗生素进行治疗，治疗周期大概是7-14天。