两种药物的治疗作用有差异，没有可比性。水飞蓟宾胶囊主要的功效和作用是治疗脂肪肝、急性肝炎、慢性肝炎等疾病引起的肝功能异常，改善其引起的胃肠道症状，如恶心、呕吐等。护肝片有健脾消食、疏肝健脾理气的作用，可以降低转氨酶，辅助治疗慢性的肝炎、以及早期的肝硬化，可以在医生的指导下用药。