宝宝打完乙脑高烧40度24小时以内可以使用物理降温进行治疗，一般不用服用药物。如果一直持续高烧40度，可以在医生的指导下服用退烧药物进行治疗。宝宝打完乙脑高烧40度可能是因为病毒感染和肠道病毒感染一起的，还有可能是呼吸道病毒导致的，并且要随时观察宝宝的情况，以免出现不良症状。