患者进行手术切除的原发性胃间质瘤患者总复发，概率大概在30%左右。中间复发时间大概在12个月后到16个月，80%的复发出现在手术后两年之内，而高风险的胃肠道间质瘤手术复发转移率比较高，达到55%到90%，80%的患者在术后1到2年内都有四分之三出现部位复发，而且还会超过半数会出现肝转移，虽然有可能再次手术切除，但是难以提高生存率。