万古霉素长期服用副作用是很大的。如果长期服用可能会损伤胃黏膜导致肠胃消化不良，引起恶心、呕吐以及腹泻的症状，另外还可能会引起眩晕，听力下降和耳鸣，以及大脑神经受到损伤等。万古霉素通常是属于一种抗生素，主要治疗与骨髓炎和肺炎，以及因败血症感染引起的心内膜炎，在服药期间一定要遵医嘱注意剂量按时用药，才能起到有效的治疗作用。