培美曲塞在化疗的过程中，会在各个系统出现副作用。在心血管系统容易引起心律失常、高血压、血栓栓塞等；会造成骨髓抑制，使白细胞和中性粒细胞减少、血红蛋白降低等；消化系统主要表现为恶心、呕吐、腹胀、消化不良、腹泻等；呼吸系统可引起胸痛、呼吸苦难等；泌尿系统会导致肌酸酐升高、肾功能降低等；少部分患者会引起过敏反应。