有可能是宝宝消化不良、白天睡得太多、出现湿疹等原因引起的。三个月婴儿入睡困难烦躁要及时带孩子到医院进行消化系统检查和皮肤科检查来判断病因，出现消化不良和湿疹，最好在医生的指导下口服降脾胃和促消化的药物，或者是涂抹消炎止痒的药膏来进行治疗。平时要注意观察孩子的身体情况，还要做到少食多餐。