在临床上纳豆激酶比较常见的副作用就是如果自身患有胃病的前提下，摄入纳豆激酶后很可能会出现胃黏膜受损的情况。所以对于消化性胃溃疡以及慢性胃炎等疾病的患者来说，是不建议摄入纳豆激酶的。除此之外，如果自身存在严重腹泻的问题时，也不建议摄入纳豆激酶，以免腹泻的症状愈发严重。