泮托拉唑钠肠溶胶囊的副作用是消化系统和神经系统等。1、神经系统：主要包括头痛或者恶心等一系列症状。2、消化系统：主要表现出腹痛或者腹泻等症状。患者可以立即到医院，通过腹部B超或者肠镜等方法来检查，之后再采用相关的方法治疗才能起到促进病情的恢复。此外，患者也要定期检查。