长期喝自制水果酵素的危害是比较多的，可能会出现腹痛，腹泻包括炎症等情况。平时不要长期的和自制水果酵素，偶尔喝一下对身体并没有太大的危害。因为水果酵素在制作的过程中会出现很多的细菌，这些细菌对于人体是有一定的伤害的。并且在制作水果酵素的时候其中的营养成分会遭到破坏，所以平时建议不要和自制的水果酵素。