两种药物的区别是治疗的疾病不同以及功效不同。复方甘草酸苷不仅具有抗过敏的功效，还具有保护肝脏的作用，如果肝脏出现病变的话，可以用来治疗，能够恢复肝功能，还可以用来治疗过敏和湿疹。而复方甘草酸铵具有解毒和抗炎的功效，还拥有抗过敏的作用，可以用来治疗身体过敏以及病毒性的疾病。