山茱萸与吴茱萸的功效区别在种类和形态以及药用价值不同。山茱萸具有补益肝肾、涩精固脱的功效，可用于治疗眩晕耳鸣、腰膝酸软和大汗虚脱等症状，吴茱萸具有散寒止痛、降逆止呕和助阳止泻的功效，可用于治疗虚寒久泻、呕吐吞酸还是脚气等症状，两种药物不可以混合使用，会对身体造成不良影响。