能够用来辅助治疗恶性肿瘤的病变，比如绒毛膜上皮癌以及恶性葡萄胎。对于急性白血病以及乳腺癌和肺癌，有头颈部癌也可以做辅助的治疗，大剂量的应用甲氨蝶呤这种药物能够改善急性淋巴细胞性白血病以及小细胞癌，同时能够对类风湿性关节炎所造成的关节肿胀和疼痛进行辅助的改善。