黄芪建中丸和附子理中丸的作用区别为，附子理中丸的作用为，可加强胃张力和胃的蠕动能力，还可以增强体力以及身体的抗寒能力，同时还可以提高身体的免疫力还能起到镇痛的作用。黄芪建中丸的作用为散去体内的寒气和湿气，可以温中补虚，同时还能缓解患者腹痛的情况。黄芪建中丸主要以温补为主而附子理中丸则已治疗体内寒气为主。