醋酸菌有好氧性和厌氧性两种，并不是厌氧菌。好氧性的醋酸发酵是制造醋的基础，而厌氧性的醋酸发酵则是用来酿造糖醋的主要途径。醋酸菌可以用于工业用菌，也是一种原核生物，主要以二分裂的形式来进行增殖，在发酵工程中常常用来酿醋。另外醋酸菌也可以引起菠萝的粉红病和苹果梨等水果的腐烂病，是工业酿酒的有害菌。