胸腺肽肠溶胶囊的副作用主要是部分患者在服药之后，可能会出现头晕，头痛，发热，恶心及四肢无力等症状，也有部分患者在服药之后会出现嗜睡感，如果患者是乙肝患者的话，服用此类药物之后，可能会出现短时间的ALT数值上升。这种药物只是一种辅助性的药物，建议患者在服药的时候要注意定期的检查肝功能。