黄连素的副作用是可能会引起胃酸分泌过多，出现胃酸的现象。部分患者会出现呕吐，恶心，便秘，发热和皮疹的情况，甚至可能会发生乳酸中毒以及横纹肌溶解症的症状。经常服用黄连素，可能会影响B族维生素的吸收，继而出现周围神经炎的情况，也有可能会导致溶血性的贫血而发生黄疸。