盐酸黄连素和复方黄连素区别是作用不同。盐酸黄连素和复方黄连素不是一种药物，但是都可以治疗肠炎或者腹泻的症状。这两种药物里面都含有黄连成分，盐酸黄连素特别对于金葡菌和伤寒杆菌以及阿米巴原虫有很好的作用，同时对于肠道感染也有很好的治疗。复方含连素对于身体出现燥热或者行气止痛，以及肠炎的患者有一定的作用。