牛黄清火丸和牛黄上清丸的区别是含有的成分以及功能作用不同。牛黄上清丸主要成分是人工牛黄，具有清热解毒、祛痰利咽的功能，可以治疗咽喉肿痛以及热病发热等症状，而且还具有镇咳祛痰抗菌抗病毒的作用。牛黄清火丸里面含有大黄、黄芩以及桔梗等药物，主要作用是清热散风解毒，可以用于头晕目眩、耳鸣肿痛以及口鼻生疮等症状的治疗。