长期服用盐酸氨基葡萄糖，有几率使人体出现胃肠道的不良反应，比如恶心或者是便秘，以及腹胀还有腹泻等症状。由于每个患者的体质不同所表现出的危害也会有明显的差别，有的患者会对药物出现过敏的现象，比如皮疹或者是瘙痒以及皮肤红斑，极少数的患者会表现出肝肾功能的下降。