清开灵与连花清瘟颗粒的区别是功效和治疗的疾病不同，药物成分也是不同的。清开灵一般是可以起到清热、解毒、安神的作用，莲花瘟微胶囊可以起到解毒、化痰、止咳的作用。清开灵可以治疗咽喉肿痛、烦躁等情况，莲花清温胶囊可以治疗热毒导致的发热、肌肉酸痛、咳嗽等症状，可以根据自己的情况来选择合适的药物治疗。