黄连素和整肠生应该可以一起吃的，具有杀菌作用，而且这两种药物可以调理肠道，如果出现肠炎或者是胃炎时，可以服用整肠生的药物进行改善，能够起到治疗的效果。如果在服用药物期间出现不良的反应时，需要马上停用药物，必要时可以到医院做一个全身检查，明确诊断之后，根据医生所提供的药物进行改善。