四君子丸和补中益气丸的区别在于功效不同。四君子丸通常可以治疗脾胃气虚导致的食欲不振和胃胀胃痛等症状，而且还可以改善四肢无力和不思饮食的现象，并且对于肠鸣也有一定的调理作用。而补中益气丸通常可以起到补气养血的功效，对于气血虚弱引起的抵抗力差和身体乏力，以及四肢无力有一定的治疗作用。