银杏酮酯滴丸的副作用大多数会引起肠胃道的不良反应，有可能会引起腹胀腹痛，还可能会有恶心、反酸、烧心等，每个人服用药物的多少不一样，副作用也可能会不同。银杏酮酯滴丸在服用的时候必须严格遵照医嘱，不能私自进行调整，如果出现了副作用，需要即可停止。在吃药的时候不可以空腹。