牛黄上清丸的主要副作用就是会出现胃肠道反应，因为这种药物是属于寒凉类，就会伤害到胃肠道，会让患者出现腹部胀痛、食欲不振、恶心呕吐、肠胃功能紊乱。一旦出现这些副作用后，需要立刻停止使用药物，避免会导致病情有所加重。另外不建议长期口服这种药物，可能就会让肝肾功能受到严重的伤害。