长期吃黄连素的副作用可能会导致胃肠道异常，出现恶心、呕吐等症状，还会导致胃肠道蠕动过快，使身体对营养物质的吸收时间减少，抑制人体对维生素及脂肪酸的吸收，从而导致身体出现其他疾病。也可能会出现发烧以及皮肤过敏等现象。另外如果长期大量的服用，还可能会导致乳酸中毒以及橫纹机溶解症等。