聚甲酚磺醛栓的主要副作用有身体使用药物的同时会出现疼痛，烧灼感以及刺激感。一般正常情况下，使用该药物治疗阴道炎，不会出现太大的不良反应，该药物主要是用蛋白质产生凝固而有杀灭细菌以及滴虫，真菌的作用。建议，女性若是长期使用该药物清洗，下身会造成抵抗力低下，杀死阴道内的有益菌，增加患病的几率。