阿米卡星的副作用是会对耳朵、肾功能造成损害，如果有肾病、或有耳朵疾病的话，建议避免使用这种药物。使用这种药物会对听力神经造成损伤，长期食用也会导致尿蛋白，从而引起肾部疾病，也有部分人会有过敏情况，可能会出现皮疹。服用药物期间如果有异常的话，要及时去医院就诊，避免对身体产生影响。