长期服用水飞蓟副作用是可能会引起轻微的胃肠道不适现象，如恶心呕吐等，还可能会引起胸闷的现象发生。水飞蓟可以有效提高肝脏的解毒能力，可以用于治疗急慢性肝炎、脂肪肝以及肝功能异常等疾病。如果肝脏功能正常，应尽量避免服用，否则可能会导致肝脏负担加重。