西吡氯铵可能产生的副作用，与使用的方法和用途有直接关系。如果是使用含有西吡氯铵成分的漱口液漱口，可能会产生的副作用，主要就是对口腔黏膜的刺激作用。大部分都会感觉到口腔黏膜轻微的灼热感，不过刺激性比较低，可以迅速缓解。个别的患者，可能会出现口腔黏膜起皮疹的现象。