跑完步以后，脑袋两侧疼痛，可能的原因主要包括：1、跑步的时候外界环境温度过低，寒冷刺激影响了头部的血管收缩功能，导致动脉血管异常收缩，使脑组织缺血引起头痛。2、跑步的时候强度过大、持续时间过久，引起了缺氧的症状，导致头痛的症状发生。经过充分的休息以后，疼痛症状一般都迅速缓解。