新生儿眼底筛查一般没有副作用。但是在进行眼底照相时，镜头会接触到新生儿的角膜，一般会在做完后，用抗生素眼药水，点几天眼睛，以免眼睑或结膜充血。一般对于早产儿或者是低体重儿，进行眼底筛查，以免患有视网膜病或者是肿瘤以及其他的眼部疾病，可以预防宝宝视力受损。在做检查时，有可能开睑器压迫眼睑，会引起局部青紫，一般会在1~2天内恢复。