凝结芽孢杆菌的副作用，一般按医生的指导服用没有什么不适应的情况发生。该药物可以起到调节胃肠道的菌群失衡的功效，对于出现有腹泻的情况是可以适当的达到治疗目的。但是也有少部分儿童服用凝结芽孢杆菌后，有大便干燥的副作用情况发生，这时候也就不需要再服用此类药物，可以停止药物进行治疗，也有利于病情的缓解。