3岁宝宝不胖但是脖子肉多可能是由于患有甲状腺功能亢进导致脖子变粗，可以在医嘱下通过服用抗甲状腺分泌的药物进行治疗。宝宝脖子粗也可能是由于体内缺乏某种微量元素导致，可以到医院进行微量元素检测，再根据检测结果进行补充。具体的原因应该及时到医院通过检查进行确诊。