会有一定痛苦，但是痛苦严重程度也要根据个人承受能力来决定，有部分患者耐受力比较好，再通过气管镜检查的时候痛苦并不是特别大，但对于耐受性比较差，人群可能在检查的期间就会感觉明显不适，容易出现剧烈咳嗽或者是喉部痉挛、呼吸困难等症状表现。对于气管镜不耐受患者可以通过全麻支气管镜检查。