肠球菌感染首选的抗生素是β内酰胺类的，比如静脉应用的氨苄西林钠，派拉西林钠，口服的阿莫西林胶囊。比较严重的情况可以考虑与氨基糖苷类的抗生素合用。肠球菌主要寄生于人的肠道当中，如果是机体免疫力下降的时候就会引起感染。也可以考虑配合应用一些中成药制剂，比如复方黄连素片，对肠球菌也有一定的抑制作用。