两个膝盖同时起疙瘩发痒，应该是过敏引起的。过敏是临床上很常见的一种疾病，皮肤接触了过敏原或者是服用了某些药物，都有可能引起过敏反应，从而在膝盖部位起小疙瘩，同时会伴有明显的瘙痒症状。患者可以使用温开水清洗膝盖部位，然后涂抹复方醋酸地塞米松乳膏等药膏进行治疗，同时口服抗过敏的药物进行治疗。